1991–1996
Lietuvos mokslo taryba didžiausią dėmesį skyrė Lietuvos mokslo ir studijų sistemos reformai, kurios turinį sudarė:
mokslo ir studijų sistemos reorganizavimas iš žinybinės į bendravalstybinę sistemą, orientuojant mokslo tyrimus į visos Lietuvos reikmėms svarbiausius uždavinius;
mokslo, studijų ir technologinių tyrimų vienovės atstatymas;
aukštųjų mokyklų ir valstybinių mokslo institutų autonomijos mokslo tyrimų, studijų ir dėstymo srityse bei mokslo ir studijų sistemos savivaldos įteisinimas ir įtvirtinimas;
Lietuvos aukštųjų mokyklų teikiamo išsilavinimo standartų (profesinė kvalifikacija, studijų kvalifikaciniai laipsniai, studijų programų akreditacija, aukštųjų mokyklų atestacija) suderinimas su priimtais Europos Sąjungos valstybėse;
programinis mokslo bei technologinių tyrimų, orientuotų spręsti nacionalinėse ir kitose valstybės programose keliamus uždavinius, koordinavimas;
nauja, pasauline patirtimi paremta, mokslininkų rengimo ir atestacijos – doktorantūros studijų, habilitacijos, mokslo laipsnių ir pedagoginių mokslo vardų teikimo – sistema.
Taryba svarstė ir rengė siūlymus bei ekspertizių išvadas strateginiais mokslo ir studijų plėtotės, valstybinės mokslo ir studijų politikos parengimo ir įgyvendinimo klausimais. Nors Tarybos nuostatuose buvo numatyta, kad Tarybos nariai į sesijas renkasi ne rečiau kaip 4 kartus per metus, bet dirbta intensyviai: per penkerius metus įvyko 123 plenariniai posėdžiai, o nuolatinės komisijos kiekvieną mėnesį rinkosi po 2–3 kartus. Iš nuveiktų svarbiausių darbų paminėtini šie:
paskelbtas dokumentas „Lietuvos mokslo tikslai ir plėtotės principai“, kuriame suformuluoti mokslo tikslai ir funkcijos valstybėje, paramos mokslui krizės sąlygomis būdai, valstybės ir mokslo santykiai bei pateikti mokslo prioritetų nustatymo principai;
parengtas „Valstybinių ir aukštųjų mokyklų, mokslo institutų pagrindinių veiklos krypčių sąrašas“, kuriame suformuluotos tuo metu valstybei prioritetinės mokslo tyrimų kryptys ir nurodytos už jas atsakingos mokslo institucijos;
parengta „Lietuvos mokslo tarybos nuostata mokslo ir studijų integracijos klausimu“, kurioje suformuluoti mokslo ir studijų integracijos tikslai, apibendrinta mokslo ir studijų institucijų patirtis, problemos, siūlomi būdai integracijai plėtoti;
parengti „Lietuvos Respublikos mokslo laipsnių ir pedagoginių mokslo vardų bendrieji nuostatai“ ir kiti dokumentai, reglamentuojantys mokslo laipsnių ir pedagoginių mokslo vardų teikimą, taip pat užsienyje įgytų mokslo laipsnių pripažinimą Lietuvoje. Pradėta nuolatinė mokslo laipsnių ir pedagoginių mokslo vardų teikimo Lietuvos mokslo ir studijų institucijose priežiūra.
Taryba siekė, kad Lietuvoje didėtų konkurso būdu finansuojamų mokslo tyrimų dalis, todėl buvo inicijuotas „Valstybinių mokslo programų rengimo ir vykdymo nuostatų“ parengimas. 1994 m. Valstybinių mokslo programų statusą Vyriausybė pripažino keturioms programoms: „Regiono ekologinis tvarumas: Lietuvos pavyzdžiu (ECOSLIT)“, „Atominė energetika ir aplinka“, „Molekuliniai biotechnologijos pagrindai: genų struktūra, funkcijos ir veiklos reguliavimas“ ir „Lietuvos geologinės aplinkos evoliucija ir žemės išteklių prognozė (LITOSFERA)“. 1996 m. Taryba kartu su Švietimo ir mokslo ministerija parengė naują „Valstybinių mokslo programų rengimo ir vykdymo nuostatų“ redakciją.
LMT rūpinosi 1993 m. veiklą pradėjusiu Lietuvos valstybiniu mokslo ir studijų fondu. Per trejus metus konkurso būdu fondas parėmė 271 mokslininko (mokslininkų grupės) vykdomus mokslinių tyrimų darbus, 151 mokslininką, rašantį mokslo kūrinius ir vadovėlius aukštosioms mokykloms, devynias mokslo programas, kurias kartu parengė ir vykdė kelios mokslo ir studijų institucijos, 19 mokslinių tyrimų darbų pagal tarpvalstybines programas, 63 mokslo renginius. Buvo vertinami prašymai skirti valstybės stipendijas jauniesiems mokslininkams (iki 30 stipendijų kasmet), aukščiausio laipsnio valstybės stipendijas pasižymėjusiems mokslininkams (10 stipendijų kasmet) bei Respublikos Prezidentų vardo stipendijas. Parengti siūlymai dėl Lietuvos Respublikos mokslo premijų komiteto nuostatų pakeitimo ir komiteto struktūros. Buvo svarstomi mokslininkų prašymai pripažinti jų mokslinę veiklą mokslo ir studijų institucijose atitinkančia reikalavimus valstybinei mokslininkų pensijai skirti. Vykdyta periodinių mokslo leidinių, kuriuos siūlyta įrašyti į Lietuvos prestižinių periodinių ir tęstinių mokslo leidinių bei prestižinių kultūros leidinių sąrašus, ekspertizė. Apibendrinusi šią patirtį, 1996 m. Taryba parengė „Valstybės biudžeto paramos mokslo leidiniams nuostatų“ projektą.